王晓锋 , 何卫龙 , 蔡卫佳 , 阮倩倩 , 潘婷 , 季孔庶

南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室, 南京, 210037
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2013 年, 第 11卷, 第 15 篇   doi: 10.3969/mpb.011.000385
收稿日期: 2012年12月04日    接受日期: 2013年01月15日    发表日期: 2013年02月06日

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本研究首次构建了马尾松均一化cDNA文库，采用Illumina高通量测序技术对转录组进行了测序，利用生物信息学方法开展基因表达谱的研究、功能基因的预测。EST序列拼接获得83680个contig，其中33772个contig被注释为相应的331669对生物学功能，10647个contig被注释具有酶功能。根据KEGG pathway数据库，对马尾松转录组的contig进行Pathway生物学通路的注释和预测，共识别出10647个contig具有对应的1029种酶功能，并关联到135条生物学通路。SSR查找发现，从83680个contig中找到889个SSR位点，占contig总数的比例为1.06%。其中，三核苷酸重复所占比例最高，达到48.37%，其次是六核苷酸重复，为19.12%，比例最低的是四核苷酸重复，仅为4.72%，二核苷酸重复和五核苷酸重复基本相同，分别为14.62%和13.16%。SSR不同重复基元类型中，出现频率最高的为AT/AT，其次是AGC/CTG和AAG/CTT。

马尾松；转录组测序；Illumina高通量测序技术；SSR